Eski çağlarda Samos önemli bir kültür merkezi idi. Samos adasının tarihinin başlangıcı zamanın sisi içinde kaybolup gitmiştir. Adada tam olarak ilk yerleşimin ne zaman olduğu bilinmemektedir ancak 3bin yıl kadar geriye Neolotik dönemlere kadar gittiği düşünülmektedir. Küçük Asyanın sahil şeridini oluşturan Samos, jeolojik hareketler sonucunda anakaradan koparak ayrılmıştır. Mitolojiye göre Samos, Tanrıça Hera’nın doğum yeridir. Ada MÖ ilk bin yıl boyunca sömürgeci iyonlar tarafından iskan edilmiş ve tarihçilere göre adanın ilk sömürgeleri Karya ve Lelegler ile Finikelilerdir. Tanrıça Hera  tapınımını adaya Finikeliler getirmiştir. Samos’un bilinen en ihtişamlı dönemi MÖ. 6.yy dır. 

Polycrates’in ölümünden sonra Pers Imparatorluğu adayı fethetti ve insansızlaştırarak  adaya ağır darbe vurdu. MÖ 499 da, Perslere karşı  iyon şehir devletlerinin ayaklanmasına katılan Samos bu dönemde gücünü geri kazanmıştır. MÖ 494 yılındaki belirleyici Lade Deniz savaşında Perslerin zaferi sonucu Samos da malup edildi. Samoslular MÖ 479 da tekrar Perslere karşı ayaklandılar. 

Pers savaşları sırasında Persler tarafından kontrol edilen Samos daha sonra Atina Konfederasyonunun üyesi oldu. Samos ittifaka karşı ayaklanınca Atinalılar intikamlarını aldılar. Ada ardından Makedonyalılar, Ptolemiler ve Romalılar tarafından fethedildi. 

MÖ 275-270 tarihleri arasında bir süre Samos, Ptolemies’in Mısır filosu için bir üs olarak hizmet verdi ve diğer zamanlarda Seleukos’un Suriye hakimiyetini tanıdı. MÖ 189’da Romalılar Samos’u, kendilerine bağlı Attalid Hanedanlığının Küçük Asya’daki Bergama Krallığına  transfer etti.  Samos Bizans imparatorluğunun bir parçası olarak askeri bölgenin lideri oldu. 13.yy dan sonra diğer ada olarak Samos da Sakız hükümetindeki gibi aynı değişimleri geçirdi ve Cenevizlilerin oldu (1346-1566), sadece Osmanlı döneminde 1475 de kısa bir süre bu durum geçerliliğini yitirdi. Osmanlı Imparatorluğu’nun ilk yıllarında bir çok Samoslu adayı terk etti.