Samos adasında dinin önemli bir yeri olduğu için, manastır ve kiliseler büyüleyici güzellikteki yerlerde olağanüstü güzellikte mimarilerde inşa edilmiştir. Hazine, kitap ve dini heykellerle dolu olan bu yapılar muhteşem dini resimlere sahip olma konusunda da oldukça zengin ve sıradışı ahşap işçiliği tekniklerine sahiptirler. Adada 14 tane “Metohia” denilen manastırdan daha ufak yapılarda vardır. Kiliseler bakımından zengin olan Samos’da 800 ün üzerinde dikkate değer kilise vardır.

Bu yapılara örnek olarak en önemli olanlar:

Vathy’de  "Zoodohos Pigi" (1756) ve "Agia Zoni" (1695) , Kokkari’de "Panayia Vrontiani" (1566),  Pythagorio kentindeki Vourliotes köyü yakınında “Megali Panayia”(1586), Korumaradei köyü yakınında "Timios Stavros" (1582), Karlovassi’de "Profitis Ilias" (1625), Mytilinii köyü yakınında "Agios Yiannis Theologos” (1823) ve antik tapınak "Sotira of Metamorfosis" (10. yüzyıl), Mavratzei köyü yakınında "Agia Triada" (1824), nehir kıyısında Kerkis dağında "Evangelismos" (10 yüzyıl) isimli rahibe manastırı bulunmaktadır.

Samos adasının batısında Kerkis dağında 67den fazla irili ufaklı mağara keşfedilmiştir. En etkileyici olanlar; Kosmadei köyü yakınlarında “Kakoperato”, Marathokampos yakınlarında “Panayia Sarantaskaliotisa Mağarası”, Kallithea köyü yakınlarında ve deniz seviyesinden 800m yukarda “Panayia Makrini” ve “Agia Triada” ve yine Marathokampos yakınlarında mitolojiye göre Samos hükümdarı Polycrates’den kaçarken Pythagoras’ın saklandığı mağara olan “Pythagora Mağarası”, Pythagorio yakınlarındaki “Panayia Spilinai”(1836) ve yine Pythagorio yakınlarında eski Karlovassi’nin dışında kalan yere yakın mesafede “Agios Antonios”. 

Agios Spyridon Kilisesi:

Samos adasının başkenti olan Vathy’de bulunan bu kilise Agios Spyridon meydanında yer almaktadır. Samos’un ele geçirilen Yunanistan’ın geri kalanı ile birleştirilmesi kararının alındığı yer olması açısından bu kilisenin tarihi önemi çok büyüktür.  

Şapelin ithaf edildiği kişi olan rahibin bayram günü dediği 12 Aralık’ta et, tereyağ ve soğan ile birlikte kaynatılan unlu bir yemek servis edilir ve buna bayram anlamına gelen “Yiorti” denilir.

Panagia Spilianis Manastırı: 

Bu manastır Samos adasının güneyinde bulunan Pythagorio köyündedir. Isim anlamı mağaranın bakiresinin manastırı anlamına gelmektedir.

Koumaradei köyünün 2km güneydoğusunda, Miloi’ye giden yolun kenarında yer alan bu manastır 225m yükseklikte çok güzel bir ortamda inşa edilmiştir. Manastırın Chora ovasına, Pythagorio köyüne ve Küçük Asya sahiline, Mikali dağına bakan muhteşem bir manzarası vardır. Manastır 1586 da inşa edilmiştir. Aynı zamanda kardeş olan Neilos ve Dionysos isimli 2 rahip tarafından Hz Meryem’in göğe kabulüne ithaf edilmiştir. Kutsal eşyaları ve muhteşem duvar resimleri ile bu manastır gravür sanatının güzel bir örneğidir.

Profitis İlias Manastırı:

Profitis İlias Manastırı Karlovasi kasabasının 3km güneydoğusunda yer almaktadır. 

Samos adasının batısında bulunan bu manastır 210m yükseklikte inşa edilmiştir. 1736’da papaz Grigoris tarafından inşa edilen manastıra ait kilise, daha önce burada yer alan ufak şapel ile bir kaç odanın yerini almıştır. 

Manastırda birkaç tane güzel duvar resmi, ahşap oyma işleri ve kiliseye ait çok sayıda eşya bulunmaktadır. 

Panagia Vrontiani Manastırı:

Bu Samos Adasının en eski manastırıdır. Birçok kez yeniden inşa edilmesine rağmen ilk yapının 1476 yılına tarihlendiği bilinmektedir. Yapı ilk olarak kardeş olan Jacop ve Makarios isimli papazlar tarafından 1566 yılında yenilenmiş ve Hz. Meryem’in doğumuna ithaf edilmiştir. Daha sonra 1702 ve 1960 yıllarında da yapı elden geçirilmiştir.

Samos adasının batısında bulunan bu manastır Vourliotes köyüne de çok yakındır. Manastırın etrafı sık ağaçlarla dolu bir ormanla çevrilidir.

Bu manastır muhteşem duvar resimleri ve dini heykelleri ile ayrıca bir çok kutsal eşyaya sahip ahşap oyma iconostasis’i (mukaddes yeri camaatin yerinden ayıran 3 kapılı yer) ile ünlüdür.  

1676 dan günümüze kadar olan dönemlere tarihlenen kodları ve kitaplarıyla manastırdaki uafak kütüphane büyük ilgi görmektedir. 

Metamorphosis Kilisesi:

Potami’deki Metamorphosis tapınağı adanın dini mimarisine en eski örnektir. Tapınakta Samos’a yeniden yerleşimin yapıldığı dönemde adaya Yunanistan’ın başka yerlerinden getirilmiş olan objeler bulunmaktadır. Bu objeler muhteşem sanat eserleri olarak kabul edilir. Karlovasi’de bulunan kiliselerde Küçük Asyanın en önemli sanat merkezlerinden etkilenerek yapılmış olan ahşap heykellerin zarif örneklerini bulabilirsiniz. 

Panagia Sarantaskaliotissa:

Panagia Sarantaskaliotissa şapeli Hz Meryem’in doğduğu güne ithaf edilmiş ve bir mağaranın içinde inşa edilmiştir. Ziyaretçiler buraya ulaşmak için dik bir kayaya oyulmuş olan 40 adet merdiveni çıkmak zorundadırlar. Mağaranın hemen arkasında bir uçurum ve su tankı bulunmaktadır. Söylentiye göre Polycratesin zulmünden kaçan Pythagoras bu mağaraya saklanmıştır. Bu nedenle mağara Pythagoras Mağarası olarak bilinir. Kerkes dağının güneydoğusunda yer alan bu mağara 320m yükseklikteki Kiokurka geçidindedir. 

Mitolojiye göre Pythagoras, Samoslu hükümdar Polycrates’in zulmünden kurtulmak için buraya saklanmış ve mağaranın adının kendi adıyla anılmasına neden olmuştur. 

Holly Cross (Kutsal Haç) Manastırı:

Adanın en eski manastırlarından olan Holly Cross ilk olarak 1582 yılında inşa edilmiştir. 1838 yılında yapı genişletilerek bugünkü halini almıştır. Yapının mimberinde ve psikopos’un kürsüsünde olduğu gibi koro ile cemaat arasında yer alan bölme de harika işçiliğe sahiptir. Kilise kubbeli ve büyük 3 nefi olan bir bazilikadır. Orta nef (koridor) kutsal haça, kuzey nef hayatın güzelliğine, güney nef ise Vaftizci Yahya’ya ithaf edilmiştir. Manastır kütüphanesi muhteşem bir koleksiyon olan kilise emanetlerine (kitaplar, kaplar vs) ev sahipliği yapar. 14 Eylül manastır’da Samos’un heryerinden büyük grupların katıldığı bayram günüdür. 

Meryem Ana ve Kutsal Ruh Manastırı:

Kerkis Dağının Kuzeybatısında 950m yükseklikteki yerinde birbirine yakın iki ayrı manastır olarak inşa edilmişlerdir. Her ikisi de mağara içine inşa edilmiş olan bu manastırlarda ne yazıkki çoğu harap olmuş olan çok güzel duvar resimleri bulunmaktadır.

Holly Zone Manastırı:

Holly Zone ( Kutsal alan) manastırı Samos kasabasının doğusunda, Valamari Vadisi içinde deniz seviyesinden 120m yüksekte inşa edilmiştir. 1695 senesinde rahip ve papaz olan Meletios tarafından yaptırılmıştır. Manastır gravür bir tapınağa, birçok kutsal eşya ve duvar resimlerine sahiptir.

Panagia Makrini:

Pavlos Latrinos tarafından MS 800 de Kerkis dağının batısındaki Kallithea’nın üzerinde yüksekliği sadece 15m olan bir mağaranın içinde inşa edilmiştir. Bu yapının papaz ve rahibi yoktur. 

Pythagoras Mağarası:

Kıyı yerleşimlerine giden kavşakta Pythagoras Mağarası diye işaret levhası bulunmaktadır. Ege’nin en yüksek dağı olan Kerkes Dağı eteklerine giden tali yol bu tabeladan sonra başlar. 

Söylentiye göre dik bir uçurumun üzerindeki bu mağarayı, ünlü matematikçi ve filozof Pythagoras hükümdar Polykratesin zulmünden kaçarken burayı kendine sığınak olarak kullanmıştır. Bu mağarada aynı zamanda Meryem anaya ithafen, din uğruna dünya zevkelerinden vazgeçmiş bir insan olmak isteyen Aziz Paul Latrinos tarafından, Pythagoras’ın ünlü mağarasına giden yoldaki izlerini takip ederek mütemadiyen varolacak olan küçük bir şapel inşa edilmiştir. İki büyük uçurum ve kayalıklarla sonlanan mağarada, hac yapmak isteyenler rahatlıkla mağaranın sarkıtlarından damlayan kutsal suya ulaşmak için aşağılara kadar yürürler. 

Ziyaretçiler bu mağaradan oldukça etkileyici görünen aşağısında deniz olan vadinin mazarasının keyfini çıkartırlar.